Certains protocoles n'aiment pas être soumis au NAT. Pour chacun d'entre-eux, deux extensions doivent être écrites ; une pour le traçage de connexion du protocole et une pour le NAT lui-même.
Dans la distribution actuelle de Netfilter, il y a des modules pour FTP : ip_conntrack_ftp.o et ip_nat_ftp.o. Si vous les insérez dans votre noyau avec insmod (ou si vous les intégrez à la compilation), alors effectuer tout type de NAT sur une connexion FTP devrait fonctionner. Si vous ne le faites pas, alors seul le FTP passif sera utilisable, et encore, il pourrait ne pas fonctionner de façon fiable si vous réalisez plus que du simple NAT de source.